COVID-19 Oktober forecast : Het kan vriezen het kan dooien

Ter ondersteuning van het corona dashboard van de rijksoverheid

Dit is mijn derde blog over de mogelijkheden van het simuleren van het reproductiegetal R. Eerder heb ik op 15 juni een weersverwachting afgegeven voor 14 dagen. Deze heb ik vandaag weer van stal gehaald om te kijken of we de huidige cijfers kunnen duiden.

Om je een indruk te geven van die onzekerheid  heb ik dat eerste blog geschreven 

DISCLAIMER  : Alle hierna getoonde data is voor demonstratie toepassing van de inhoud van deze blog. Ik ben geen viroloog of anderszins deskundig op de medische inhoud.

Oktober laat mooie simulatie zien van de mogelijke routes die het reproductie getal kan gaan volgen.

De plaatjes die je in deze blog ziet zijn gemaakt door meerdere malen een simulatie te doen voor de verwachte ziekenhuis opnames de komende tijd. Deze simulaties kun je dan gebruiken om het reproductie getal R te schatten. Uit die berekening samplen we dan weer 1000x de mogelijke waarde van R.

Ieder plaatje laat dus 25ooo mogelijke waardes van R zien, voor iedere dan opnieuw.

Wat nu mooi is om te zien is dat dit weekeinde we op een tweespalt lijken te staan. De simulaties laten zien dat we mogelijkerwijs naar een R doorschieten weer flink boven de 1 of dat we er dit weekeinde al weer net onder zakken.

FORE219.png

De COVID-19 weersverwachting

Het is vandaag 2 oktober, de data van het RIVM loopt door tot 11 september, we gaan dus 25x 21 dagen ziekenhuis opnames simuleren (door naïef te trekken uit de aantallen ziekenhuis opnames uit de RIVM data) Hier zouden we dus iets slimmer met de tijd kunnen doen maar dat laat ik voor de oplettende lezer.

Dus op basis van de gesimuleerde data uit de voorgaande runs komen we dan tot de volgend weersverwachting (inclusief de enorme bandbreedtes die nu eenmaal bij een weersverwachting horen...)

animated-forecast-R-20201002.gif

De getoonde animatie geeft de posterior kansverdeling weer van de mogelijke waarde die het reproductiegetal R op enig moment kan hebben. De kansverdeling wordt gemaakt door 25 x 1000 trekkingen te doen uit de geschatte kansverdeling die het reproductiegetal kan hebben gegeven de onzekerheden die er in het spel zijn.

Dus we hebben naar aanloop van het komende weekeinde kans op een onstuimige R groter dan 1, na het weekeinde weer iets rustiger weer en de R zakt weer richting de 1.

Conclusie

Ver vooruit voorspellen is lastig, je ziet de simulatie uiteindelijk uitsmeren over alle mogelijkheden. Wat wel op valt aan de vorm van de kansverdeling is dat er meerdere scenario's denkbaar zijn gegeven de huidige stand van zaken. Of we duiken dit weekeinde weer onder de 1 of niet...

Het kan vriezen het kan dooien.



Voor de duidelijkheid, deze analyse probeert de analyses van de RIVM na te doen op basis van de verstrekte informatie. Deze analyse is niet de werkelijke analyse zoals door het RIVM gedaan en is ook niet als zodanig bedoeld. We willen hier laten zien hoe de onzekerheid met betrekking tot het reproductiegetal tot stand komt en hoe je, door die onzekerheid duidelijker te laten zien, een alternatieve weergave kunt maken voor in het dashboard van de overheid.